Droplet Digital PCR (ddPCRTM) untuk Pengujian Patogen pada Air Limbah
Teknologi Droplet Digital PCR (ddPCRTM)
Teknologi Droplet Digital PCR adalah metode PCR digital yang memanfaatkan sistem droplet (emulsi air-minyak). Droplet membentuk partisi yang memisahkan molekul DNA sampel. Sampel difraksinasi menjadi 20.000 droplet dan amplifikasi PCR dari molekul DNA cetakan terjadi pada setiap individu droplet. Teknologi ddPCR menggunakan reagen dan alur kerja yang serupa dengan yang digunakan untuk sebagian besar pengujian PCR standar berbasis probe TaqMan. Droplet pada dasarnya memiliki fungsi yang sama dengan tabung atau sumur uji individu pada plate tempat reaksi PCR berlangsung, meskipun dalam format yang jauh lebih kecil. Partisi sampel secara besar-besaran adalah aspek kunci dari teknik ddPCR.
Partisi sampel adalah aspek kunci dari droplet digital PCR. Pada PCR tradisional, satu sampel hanya dilakukan satu pengukuran, tetapi pada Droplet Digital PCR, sampel dipartisi menjadi droplet sebanyak 20.000. Partisi ini memungkinkan pengukuran ribuan peristiwa amplifikasi independen dari satu sampel.
Teknologi ddPCR menggunakan kombinasi mikrofluida dan bahan kimia surfaktan eksklusif untuk membagi sampel PCR menjadi droplet. Amplifikasi PCR terjadi secara independen pada setiap droplet yang mengandung cetakan DNA dan reagen PCR. Setelah PCR, setiap droplet dianalisis atau dibaca untuk menentukan fraksi droplet PCR-positif pada sampel. Data tersebut kemudian dianalisis menggunakan statistik Poisson untuk menentukan konsentrasi cetakan DNA target dalam sampel.
Sistem ddPCR dapat digunakan untuk:
Deteksi target DNA prevalensi rendah/langka dengan sensitivitas tinggi
Menentukan variasi jumlah salinan DNA (copy number) dengan akurasi tinggi
Mengukur tingkat ekspresi gen dengan presisi tinggi
Pengujian SARS-CoV-2 pada Air Limbah dengan Teknologi Droplet Digital PCR (ddPCR)
Epidemiologi berbasis air limbah secara tidak langsung dapat memantau tingkat infeksi di komunitas berdasarkan jumlah patogen dalam air limbah setempat. Karena individu yang terinfeksi SARS-CoV-2, baik simptomatik dan asimptomatik, melepaskan RNA virus dalam sistem saluran pembuangan, analisis SARS-CoV-2 pada air limbah dari saluran pembuangan dapat memberikan informasi tentang infeksi SARS-CoV-2 dalam komunitas. Namun, keakuratan data bergantung pada kualitas metode pengujian air limbah. Selama pandemi COVID-19, Droplet Digital PCR terbukti memiliki sensitivitas yang tinggi dan diperlukan untuk mendeteksi wabah dan memantau varian SARS-CoV-2 di masyarakat melalui pengujian air limbah.
Baca Juga : Fluorometer vs Nanospektrofotometer, mana yang lebih baik
Keunggulan Droplet Digital PCR untuk pengujian air limbah:
Sesuai dengan panduan Food and Drug Administration (FDA) AS untuk kuantifikasi SARS-CoV-2
Direkomendasikan oleh Pusat Pengendalian Penyakit (CDC) AS melalui metode kuantifikasi
*(https://www.cdc.gov/nwss/testing.html?CDC_AA_refVal=https%3A%2F%2Fwww.cdc.gov%2Fnwss%2Ftesting%2Findex.html)
Diterbitkan sebagai metode kuantifikasi virus yang dapat diandalkan untuk pengujian air limbah oleh Badan Perlindungan Lingkungan AS (EPA)
*(Jahne MA et al. (2019). Droplet digital PCR quantification of norovirus and adenovirus in decentralized wastewater and graywater collections: Implications for onsite reuse. Water Res 169, 115213.)
PREvalence ddPCR SARS-CoV-2 Wastewater Quantification Kit
Kit Kuantifikasi Air Limbah dengan ddPCR (PREvalence ddPCR SARS-CoV-2 Wastewater Quantification Kit) memberikan hasil kuantitatif yang dapat direproduksi dalam pengujian air limbah untuk SARS-CoV-2. Kit tersebut direkomendasikan oleh CDC AS dan menggunakan primer RT-PCR WHO untuk deteksi SARS-CoV-2, memungkinkan deteksi gen N2 dan E pada SARS-CoV-2. Kit menggunakan Murine Hepatitis Virus (MHV) sebagai eksternal kontrol. MHV berfungsi sebagai kontrol pemulihan matriks, memungkinkan estimasi virus yang hilang selama pemrosesan sampel. Tes menggunakan sistem multipleksing yang memungkinkan ketiga target untuk dideteksi dalam satu sumur. Analisis secara otomatis dengan PREvalence Wastewater Automated Analysis Application Software untuk memudahkan dalam proses identifikasi dan pengambilan kesimpulan.
Link product:
Baca Juga : Membrane Filtration (MF) solusi untuk Enumerasi Mikroba pada Sampel Air
Penulis : Sylvia Sance Marantina M. Biomed
Editor : Agung Nurfaizal
Mari Terhubung dengan Kami
Phone : 021 5366 7591
Email : [email protected]
WhatsApp : 0858 8880 0005
Kunjungi media sosial Offical Sciencewerke:
Instagram: https://www.instagram.com/sciencewerke_id/
Linkedin: https://www.linkedin.com/company/pt-sciencewerke/