Mana yang lebih bagus antara Lysis buffers RIPA dan Lysis buffers NETN

Mana yang lebih bagus antara Lysis buffers RIPA dan Lysis buffers NETN?

Lisis sel merupakan langkah penting dalam berbagai jenis pengujian molekuler dan seluler. Keberhasilan proses lisis sel akan sangat mempengaruhi hasil pengujian atau analisis selanjutnya. Proses ini bergantung pada pelarutan bahan seluler seperti protein atau DNA untuk analisis, dan kualitas pengujian yang dilakukan didasarkan pada efisiensi ekstraksi bahan tersebut. Selain itu, lisis buffer juga harus mempertimbangkan pengujian yang akan dilakukan nantinya, apakah mengharuskan protein dalam bentuk native atau tidak masalah jika proteinnya sudah terdenaturasi. Dengan beberapa pilihan buffer lisis, bagaimana Anda tahu mana yang tepat untuk Anda? Di sini, akan dibahas mengenai dua buffer lisis yang sering digunakan RIPA (RadioImmunoPrecipitation Assay) dan NETN

Komponen utama dalam buffer lisis adalah sebagai berikut :

Buffer, menciptakan kondisi yg sesuai untuk proses reaksi atau assay
Garam, menciptakan lingkungan yang bersifat ionik
detergent, bekerja sebagai surfaktan unyuk merusak membrane sel

Buffer yang berbeda memiliki rentang pH spesifik yang dapat mengubah konformasi protein, jadi penting untuk mengetahui pada pH mana protein yang akan dianalisis dalam kondisi stabil. Buffer Tris adalah komponen buffer untuk buffer lisis RIPA dan NETN. Buffer Tris memiliki kisaran pH dari 7-9, dan RIPA dan NETN biasanya menggunakan Tris pH 8. Namun, jika protein yang diamati membutuhkan rentang pH yang berbeda, buffer yang berbeda dapat digunakan. NaCl adalah garam yang digunakan pada kedua buffer lisis, tetapi NETN megandung NaCl 250mM dan RIPA mengandung NaCl 150mM. Perbedaan besar antara buffer lisis RIPA dan NETN adalah pada deterjen yang digunakan.

Ada beberapa jenis detergen yang dapat mempengaruhi proses ekstraksi protein dan lisis sel. Pada NETN buffer (Gambar 1) detergen yang digunakan adalah NP-40 ataun Triton X-100, yang merupakan jenis detergen non-ionik. Jenis detergen ini tidak akan menyebabkan protein terdenaturasi sehingga masih berfungsi dengan baik. Sedangkan RIPA buffer (Gambar 1) mengandung NP-40 (non-ionik), SDS (denaturatung detergent) dan sodium deoxycholate. Ini berarti bahwa RIPA buffer dapat mengakibatkan protein terdenaturasi.

Gambar 1 A) RIPA Cell Lysis Buffer 5x (Visual Protein, Energenesis Biomedical) dan NETN Lysis Buffer (Bethyl, Fortis Life Sciences)

Selain komponen utama pada lysis buffer yang sudah disampaikan diatas, RIPA dan NETN keduanya juga mengandung EDTA yang merupakan chelating agent. EDTA menyerap kofaktor yang diperlukan untuk aktivitas protease yang dapat mengurangi potensi kerusakan dan degradasi protein.

RIPA buffer dengan kandungan deterjen ioniknya memiliki kekampuan lebih keras daripada NETN buffer, yang membuatnya lebih mampu melarutkan protein yang terikat membran dan protein inti dan mitokondria. Namun, karena sifat denaturnya, buffer RIPA dapat mengganggu aplikasi hilir seperti imunopresipitasi dengan mengganggu pelipatan protein dan interaksi protein-protein. Buffer NETN adalah buffer lisis yang lebih ringan yang sering digunakan untuk memisahkan fraksi inti dan sitoplasma sel. Ini tidak seefektif buffer RIPA dalam mengekstraksi protein yang terikat membran.

Untuk memahami buffer mana yang harus dipilih, perlu diketahui tujuan dan spesifikasi pengujian yang akan dilakukan. Peneliti harus mengetahui lokasi dan sifat protein target yang akan dianalisis. Lalu, metode analisis yang akan digunakan, karena setiap jenis analisis memerlukan spesifikasi sampel protein yang berbeda termasuk konformasi dan tingkat kemurniannya. Berikut rangkuman komparasi antara RIPA Buffer dan NETN Buffer :

Promotions

Mana yang lebih bagus antara Lysis buffers RIPA dan Lysis buffers NETN?

Komponen utama dalam buffer lisis adalah sebagai berikut :

Klik link berikut untuk informasi lebih lengkap mengenai :

Mari Terhubung dengan Kami

Kunjungi media sosial Offical Sciencewerke