Penerapan Optical Genome Mapping (OGM) dalam penelitian kanker
Variasi genom pada kanker sering kali kompleks, dan sekuensing dengan cakupan rendah pada genom utuh tidak memadai untuk mendeteksi mutasi ini. Teknologi OGM menawarkan solusi dengan mendeteksi variasi struktural secara lebih akurat dan dengan cakupan lebih tinggi, bahkan pada 5% fraksi alel varian.
Rearrangement genom yang ekstrem merupakan ciri khas kanker. Untuk memahami kompleksitas ini, diperlukan kombinasi short read sekuensing dengan cakupan tinggi. Aplikasi OGM dapat melampaui batas-batas yang dihadapi oleh teknologi short/long read sekuensing, yang sering kali tidak dapat menjangkau wilayah genom yang berulang dan sulit dianalisis. Teknologi OGM menggunakan isolasi DNA dari berbagai sumber, seperti darah, sel, jaringan, atau biopsi tumor. Molekul DNA dilabeli secara spesifik di seluruh genom dan dianalisis melalui proses otomatis pada instrumen OGM.
OGM telah menunjukkan kemampuannya dalam mendeteksi mutasi dan fusi gen yang sebelumnya tidak terdeteksi oleh metode lain. Sebagai contoh, OGM berhasil mengidentifikasi kaset gen yang diperkuat dalam enam salinan berurutan pada kasus kanker familial yang terkait dengan gen tertentu. Selain itu, dalam studi melanoma uveal, OGM berhasil mendeteksi delesi dalam promotor gen yang tidak teridentifikasi oleh sekuensing genetik sebelumnya.
Kelebihan lain dari OGM termasuk kemampuannya untuk menggabungkan metode sitogenetik klasik seperti karyotyping, FISH, dan mikroarray menjadi satu alur kerja yang sederhana. Dalam kasus penelitian leukemia, OGM berhasil mengidentifikasi translokasi kromosom yang kompleks dan mutasi langka yang sebelumnya tidak terdeteksi.
Melalui penggabungan dengan Next Generation Sequencing (NGS), OGM memberikan pemahaman menyeluruh tentang peristiwa genom pada kanker, dari varian nukleotida tunggal hingga variasi struktural besar. Teknologi ini membuka peluang baru dalam penemuan biomarker kanker dan personalisasi pengobatan, serta membantu dalam analisis sel CAR-T yang dimodifikasi secara genetik untuk pengobatan kanker.
Teknologi ini memiliki potensi besar dalam penelitian dan pengembangan terapi kanker baru, dengan kemampuan untuk mengidentifikasi variasi struktural langka dan kompleks yang sebelumnya tidak terjangkau oleh teknologi NGS.
Untuk informasi lebih lanjut mengenai produk-produknya silahkan cek pada link berikut :
Link Produk : https://bionano.com/oncology/
Gambar produk : https://bionano.com/saphyr-systems/
Mari Terhubung dengan Kami
Telepon Kantor : 021 5366 7591
Email : [email protected]
WhatsApp : 0858 8880 0005
Kunjungi media sosial Offical Sciencewerke
Instagram : @sciencewerke_id
Linkedin : PT Sciencewerke
X : Sciencewerke ID
Youtube: PT Sciencewerke