TIANamp Genomic DNA: Kit Isolasi DNA untuk berbagai Matrix Sampel
DNA dan histon akan membentuk nukleosom, dan nukleosom akan bersatu membentuk struktur berongga tubular spiral, yaitu filamen kromatin, yang kemudian membentuk kromosom dengan banyak protein non-histone. Kromosom terletak di inti sel (nucleus), yang dikelilingi oleh membran inti dan membrane sel . Untuk mengekstrak DNA dari jaringan, jaringan pertama-tama harus dipecah menjadi sel individu, dan kemudian membrane sel dipecah untuk melepaskan kromosom. Protein histon dan non histon yang terikat pada DNA juga dihilangkan pada saat yang sama.
Gambar 2. Prosedur isolasi DNA
Titik Kritis Isolasi DNA
• Pastikan integritas struktur primer asam nukleat (karena semua informasi genetik disimpan dalam struktur primer asam nukleat), struktur primer yang lengkap merupakan dasar untuk mempelajari struktur dan fungsi asam nukleat.
• Hindari kontaminasi molekul lain, seperti protein, polisakarida, lipid dan pelarut organik, dll., sehingga eksperimen hilir dapat berjalan dengan lancar.
Metode Isolasi DNA
1. Jenis Sampel yang digunakan
Pilihan terbaik untuk isolasi DNA adalah menggunakan sampel segar, atau sampel yang dikriopreservasi pada suhu -20℃ atau -80℃ segera setelah pengumpulan. Proses berulang
pembekuan dan pencairan akan menghasilkan fragmen DNA kecil dan tingkat ekstraksi rendah. Untuk bakteri atau ragi dengan dinding sel yang sulit dipecah, sel-sel harus dikumpulkan pada tahap awal fase pertumbuhan logaritmik.
2. Metode pre-treatment sampel
• Bahan tanaman – Penggerusan dengan nitrogen cair
• Bahan hewani – Penggerusan dengan nitrogen cair, homogenasi
• Bakteri – Gunakan lisozim untuk memecahkan dinding sel
• Ragi -Gunakan lyticase untuk menghancurkan dinding sel/penggilingan manik-manik kaca (glass beads grinding)
3. Lisis sel dan protein
• Metode CTAB : digunakan untuk sampel tanaman dan jamur
• Metode SDS: digunakan untuk sampel darah, kultur sel, jaringan hewan, bakteri, yeast
• Metode fisika : ultrasonikasi
• Metode kimia : lisis dengan cairan mengandung alkaline
• Metode enzimatik : lisis dengan proteinase K
4. Purifikasi DNA
• Menggunakan kolom berbasis silica
• Resin Anion exchange
• Menggunakan magnetic beads
5. Elusi DNA
Setelah DNA dipisahkan, DNA dapat dielusi dengan larutan yang mengandung garam tinggi dan pH tinggi. Efisiensi elusi maksimum dapat dicapai di antara pH7.0-8.5. Buffer elusi yang umum digunakan adalah TE (pH8.0), yang menyediakan lingkungan penyangga yang baik untuk mengelusi fragmen DNA, dan kondisi penyimpanan yang stabil untuk DNA. Selain itu, buffer elusi TE mengandung konsentrasi EDTA yang sangat rendah sehingga memiliki efek yang sangat rendah pada endonuklease dan DNA polimerase.
TIANamp Genomic DNA Kit
TIANamp Genomic DNA Kit merupakan kit isolasi DNA berbasis silika yang cepat dan mudah untuk digunakan. TIANamp Genomic DNA Kit dapat digunakan untuk berbagai jenis sampel, termasuk darah hewan, sel kultur, dan jaringan. Kit isolasi dilengkapi dengan buffer lisis yang dapat diaplikasikan pada berbagai jenis sampel, sehingga meminimalisir proses pre-treatment sampel secara mekanik dan mempercepat proses isolasi DNA. Kit memurnikan DNA berkualitas tinggi tanpa protein dan inhibitor. DNA yang telah diisolasi dan dimurnikan dapat digunakan untuk PCR, analisis sekuensing, atau aplikasi molekuler lainnya.
TIANamp Genomic DNA Kit menggunakan metode SDS untuk lisis sel, sehingga fragmen DNA dengan berat molekul tinggi dapat diekstraksi oleh kit. SDS adalah deterjen anionik yang dapat menyebabkan lisis sel, denaturasi protein, dan pemisahan kromosom. Buffer lisis dalam TIANamp Genomic DNA Kit juga sudah mengandung DNase inhibitor, yang sepenuhnya dapat menghambat aktivitas DNase dan mencegah degradasi DNA.
Setelah lisis sel, bahan adsorpsi matriks silika digunakan untuk menghilangkan kotoran sehingga menghasilkan DNA murni. Bahan adsorpsi matriks silika secara khusus dapat menjerap DNA, mudah dan cepat digunakan, tanpa perlu menggunakan pelarut beracun seperti fenol, kloroform, dll., membuat ekstraksi DNA genom sesederhana penyaringan. Oleh karena itu, bahan matriks silika merupakan metode umum untuk memisahkan dan memurnikan DNA Genom.
Mekanisme adsorpsi matrix silika adalah dengan partikel garam konsentrasi tinggi yang menghambat distribusi molekul pada permukaan matriks, membentuk gaya elektrostatik yang dihasilkan oleh jembatan kation, DNA dan substrat silika terikat oleh interaksi hidrofobik. Ketika konsentrasi garam rendah karena proses pencucian dengan buffer, matriks silika yang direhidrasi memutus interaksi antara DNA dan matriks, menghasilkan elusi DNA dari substrat silika. Kit ekstraksi TIANamp Genomic DNA mengadopsi membran matriks silika ultra-mikro baru untuk melindungi DNA genom dan memastikan integritas DNA.
Kisaran konsentrasi DNA yang akan diperoleh sesuai dengan jenis sampel :
Baca juga : Cegah Kanker Serviks Dengan Tes HPV DNA Genotyping Berbasis Real-Time PCR
https://en.tiangen.com/content/details_43_4224.html
Penulis : Sylvia Sance Marantina
Editor : Agung Nurfaizal
Mari Terhubung dengan Kami
Phone : 021 5366 7591
Email : [email protected]
WhatsApp : 0855 1288 801
Kunjungi media sosial kami dan blog Offical Sciencewerke:
Instagram: https://www.instagram.com/sciencewerke_id/
Linkedin: https://www.linkedin.com/company/pt-sciencewerke/