ddSEQ Single-Cell 3' RNA-Seq Kit & Omnition Analysis Software
ddSEQ Single-Cell 3' RNA-Seq Kit dan Omnition Analysis Software adalah dua komponen utama dalam analisis transkriptom sel tunggal, yang dirancang untuk memberikan wawasan mendalam tentang ekspresi gen di tingkat sel individual.
ddSEQ Single-Cell 3' RNA-Seq Kit
Kit ini merupakan sistem untuk melakukan analisis transkriptom menggunakan pendekatan RNA-Seq pada sel tunggal.
- Fungsi Utama:
Memungkinkan isolasi RNA dari ribuan sel tunggal secara bersamaan dan transkripsi menjadi cDNA untuk analisis lebih lanjut. - Teknologi Dasar:
Menggunakan teknologi microfluidik berbasis droplet (tetesan mikro) untuk menangkap sel tunggal secara efisien dalam lingkungan yang terkontrol. Sel dipisahkan dalam droplet bersama dengan reagen yang mendukung isolasi dan pemrosesan RNA. - Fokus 3' RNA-Seq:
Menargetkan ujung 3' dari RNA messenger (mRNA), yang sering mengandung poly-A tail, untuk efisiensi dan kemudahan penyesuaian analisis. - Protokol Workflow:
- Isolasi Sel Tunggal: Memisahkan setiap sel ke dalam droplet.
- Reverse Transcription (RT): Mengonversi RNA menjadi cDNA.
- Barcoding Molekuler: Menyematkan label unik pada cDNA dari setiap sel, memungkinkan pelacakan asal data dari sel tertentu.
- Amplifikasi dan Sequencing: Memperbanyak cDNA untuk diurutkan menggunakan platform sequencing seperti Illumina.
- Keunggulan:
- Efisiensi tinggi dalam menangkap sel tunggal.
- Barcoding molekuler untuk menghindari duplikasi data.
- Proses otomatis yang mengurangi kesalahan manusia.
Baca juga : Teknologi Analisis miRNA: Revolusi dalam Penelitian Biologi Molekuler
Omnition Analysis Software
Perangkat lunak ini dirancang untuk analisis data hasil ddSEQ dan sistem lainnya yang menghasilkan data RNA-Seq berbasis sel tunggal. Fitur dan manfaat utamanya:
- Analisis Data Tingkat Lanjut:
- Memproses data mentah dari platform RNA-Seq dan mengubahnya menjadi informasi biologis yang dapat digunakan.
- Mendukung dekonvolusi data berdasarkan barcoding molekuler untuk memisahkan data dari setiap sel.
- Kemampuan Visualisasi:
Menyediakan alat visualisasi yang kaya, seperti diagram PCA (Principal Component Analysis), t-SNE (t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding), dan grafik berbasis ekspresi gen. - Identifikasi Subpopulasi Sel:
- Mendeteksi subpopulasi sel berdasarkan pola ekspresi gen.
- Menggunakan algoritma clustering untuk mengelompokkan sel dengan karakteristik serupa.
- Fokus pada Pengalaman Pengguna:
- Antarmuka yang intuitif dan ramah pengguna.
- Integrasi pipeline otomatis untuk mempermudah pengguna dari berbagai latar belakang.
- Keunggulan Tambahan:
- Mendukung integrasi dengan dataset referensi untuk menganalisis perbandingan.
- Dilengkapi dengan modul untuk analisis pathway dan genetik.
Baca juga : Sophia Genetics untuk Onkologi: Meningkatkan Diagnosis dan Perawatan Kanker
Kombinasi ddSEQ dan Omnition Software
Dengan menggunakan ddSEQ untuk mendapatkan data transkriptom sel tunggal dan menganalisisnya menggunakan Omnition, para peneliti dapat:
- Memahami Keanekaragaman Seluler: Mengetahui bagaimana sel-sel dalam jaringan berbeda dalam pola ekspresi gen.
- Mengidentifikasi Sel-Sel Penting: Mengenali subpopulasi sel yang relevan, seperti sel induk, sel kanker, atau sel imun spesifik.
- Menganalisis Respon Genetik: Melihat bagaimana gen merespons perlakuan tertentu, seperti obat atau stres lingkungan.
Baca juga: Keunggulan BioRad NGC Kromatografi Sistem
Penulis: Sylvia Sance Marantina, M.Biomed
PT Sciencewerke
Making Science Work For You
Telp : 021 536 67591
Email : [email protected]
WhatsApp : 0858 8880 0005
Website : www.sciencewerke.com
Alamat : Jl. Palmerah Barat No. 25, Palmerah, Jakarta Barat 11480