Revolusi Kontrol Kualitas Sel dengan Optical Genome Mapping

Penerapan Optical Genome Mapping (OGM) dalam penelitian kanker

Menjaga integritas dan stabilitas genom pada sel adalah hal yang sangat penting, terutama di bidang terapi sel, penelitian, dan produksi. Metode sitogenetik tradisional, meskipun berguna, sering menghadapi tantangan seperti keterbatasan resolusi, waktu pemrosesan (TAT) yang lama, dan masalah skalabilitas. Namun, dengan hadirnya Optical Genome Mapping (OGM) melalui Sistem Bionano Saphyr®, era baru dalam analisis genom telah dimulai.

OGM menawarkan analisis varian struktural (structural variants - SV) dan varian jumlah salinan (copy number variants - CNV) di seluruh genom, yang mengubah lanskap kontrol kualitas (QC) untuk lini sel (cell line) . Metode ini mendeteksi kelainan genom seperti delesi, duplikasi, translokasi, dan inversi dengan resolusi lebih tinggi dibandingkan teknik konvensional. Rata-rata waktu pemrosesan untuk hasil telah meningkat secara drastis, dengan analisis selesai dalam waktu kurang dari satu minggu, dibandingkan dengan dua minggu atau lebih yang dibutuhkan oleh metode tradisional.

Keunggulan Dibandingkan Teknik Tradisional

Jika dibandingkan dengan metode konvensional seperti kariotipe dan analisis mikroarray kromosom, OGM menawarkan beberapa keunggulan yang jelas:

Resolusi: OGM mencapai resolusi yang lebih tinggi, mendeteksi variasi sekecil 500 base pairs, dibandingkan dengan 5-10 megabase pairs (Mbp) yang terdeteksi oleh kariotipe.
Skalabilitas dan Kecepatan: Sistem Bionano Saphyr® menawarkan platform lengkap dari sampel hingga hasil, memudahkan pelaksanaan di dalam laboratorium dan peningkatan skala sesuai kebutuhan.

Selain itu, organisasi yang telah menerapkan OGM melaporkan peningkatan yang signifikan. Misalnya, bit.bio, sebuah perusahaan bioteknologi yang berbasis di Inggris, mengadopsi OGM untuk kontrol kualitas sitogenetik sel punca pluripoten terinduksi (iPSC), yang menghasilkan pengurangan waktu pemrosesan dari lima minggu menjadi hanya satu minggu. Penggunaan OGM juga meningkatkan kualitas data varian struktural dan menurunkan biaya per sampel.

Aplikasi dan Kisah Sukses

Beberapa institusi telah menunjukkan manfaat OGM dalam berbagai aplikasi:

CiRA Foundation (Jepang): OGM berhasil mengidentifikasi translokasi kromosom dan inversi yang tidak terduga selama eksperimen pengeditan gen CRISPR-Cas9 pada subklon iPSC, yang tidak terdeteksi oleh metode tradisional.
Oklahoma Medical Research Foundation (AS): Peneliti menggunakan OGM untuk menganalisis efek kultur sel yang lama pada lini iPSC. Mereka mendeteksi perubahan genom yang signifikan, seperti delesi dan translokasi, yang memberikan pemahaman yang lebih mendalam tentang penuaan sel.
Verve Therapeutics (AS): OGM membantu menilai integritas genom sel hati yang menjalani pengeditan gen, menunjukkan bahwa tidak ada variasi struktural (SV) tambahan yang terjadi setelah perawatan, memastikan keamanan dan efektivitas pendekatan terapeutik.

Standar Baru untuk QC Sel

OGM tidak hanya meningkatkan akurasi analisis genom, tetapi juga menyederhanakan alur kerja QC. Dengan kemampuan melakukan tes ini secara internal, institusi dapat menikmati waktu pemrosesan yang lebih cepat, kontrol yang lebih besar atas proses QC mereka, serta wawasan genomik yang lebih mendalam. Akibatnya, perusahaan dapat mengurangi biaya, meminimalkan risiko, dan mendapatkan kejelasan yang belum pernah terjadi sebelumnya mengenai kestabilan genetik dari lini sel mereka.

Seiring dengan meningkatnya permintaan untuk analisis genom yang lebih presisi dan efisien, Optical Genome Mapping muncul sebagai alat revolusioner untuk kontrol kualitas lini sel. Dengan hasil yang lebih cepat, resolusi lebih tinggi, dan aplikasi yang lebih luas, OGM siap menjadi standar baru untuk memastikan stabilitas genom lini sel yang digunakan dalam penelitian dan terapi.

Link Produk : https://bionano.com/cell-and-gene/

Gambar produk : https://bionano.com/saphyr-systems/

Penulis Artikel:
Sylvia Sance Marantina, M.Biomed

Mari Terhubung dengan Kami

Telepon Kantor : 021 5366 7591
Email : [email protected]
WhatsApp : 0858 8880 0005

Kunjungi media sosial Offical Sciencewerke

Instagram : @sciencewerke_id
Linkedin : PT Sciencewerke
X : Sciencewerke ID
Youtube: PT Sciencewerke

Back

Promotions